Al igual que el aeropuerto, el puerto de Naxos ofrece conexiones a los principales destinos del mar Egeo, incluyendo el puerto del Pireo en Atenas. Además, en el puerto se encuentra la estación central de autobuses de Naxos con rutas diarias a todos los rincones de la isla.
Ir del aeropuerto de Naxos al puerto de Naxos tomaría bien un recorrido en taxi de 12 minutos o un viaje en autobús de 20 minutos. El precio de un taxi del aeropuerto de Naxos por los 4 km de recorrido llega normalmente a un total de 15 €, mientras que un billete de ida en autobús cuesta 1,50 €. Sin embargo, es importante tener en cuenta que el autobús sale de una estación a 500 metros de las puertas de salida del aeropuerto.
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